Kierrättämisen ohella Turun Ekotori työllistää turkulaisia pitkäaikaistyöttömiä. Esimerkiksi vuonna 2014 Turun Ekotori työllisti eri pituisin työsuhtein yli 250 henkilöä.
Ekotorilla työllistetään ensisijaisesti vaikeasti työllistyviä, palkkatukeen tai työkokeiluun oikeutettuja henkilöitä. Valtaosa Turun Ekotorin tarjoamista työsuhteista on palkkatukityösuhteita. Mahdollisuuksien mukaan pyritään tarjoamaan pidennettyjä työsuhteita ja kehittämään työntekijöiden ammattitaitoa. Ekotorilla tuetaan myös henkilökunnan työnhakuprosesseja ja koulutuksiin hakeutumista.
Turun Ekotorin vakituisen henkilöstön keskuudessa vuonna 2017 ulkopuolisen tahon toimesta suoritetun työhyvinvointitutkimuksen tulokset osoittavat, että työtyytyväisyys ja -viihtyvyys ovat Ekotorilla erittäin korkealla tasolla. Työhyvinvoinnin edistäminen onkin Turun Ekotorin henkilöstöstrategian keskeisiä tavoitteita.